通过建立保健机构注册库，提供本区域内所有医疗机构的综合目录，相关的机构包括二三级医院、社区卫生服务中心、疾病预防控制中心、卫生监督所、妇幼保健所等。系统为每个机构分配唯一的标识，可以解决居民所获取的保健服务场所唯一性识别问题，从而保证在维护保健信息的不同系统中使用统一的规范化的标识符，同时也满足区域卫生信息平台层与下属保健机构服务点层的互联互通要求。

保健机构注册服务主要由医政（卫监）来使用，完成保健机构的注册。

保健术语和字典注册服务

建立术语和字典注册库，用来规范保健事件中所产生的信息含义的一致性问题。术语可由平台管理者进行注册、更新维护；字典既可由平台管理者又可由机构来提供注册、更新维护。

保健健康档案存储服务

保健健康档案存储服务是一系列存储库，用于存储健康档案的信息。根据健康档案信息的分类，健康档案存储服务分为七个存储库：个人基本信息存储库、主要疾病和健康问题摘要存储库、儿童保健存储库、妇女保健存储库、疾病控制存储库、疾病管理存储库以及医疗服务存储库。

保健信息共享和协同服务

保健信息共享和协同服务基于健康档案存储服务，提供保健机构之间的信息共享服务和业务协同服务。

根据健康档案信息的分类和服务需要，保健信息共享和协同服务分为七个域：个人基本信息域、主要疾病和健康问题摘要域、儿童保健域、妇女保健域、疾病控制域、疾病管理域以及医疗服务域。这些域又可以进一步细分为若干个子域，例如医疗服务域可以分为诊断信息域、药品处方域、临床检验域、医学影像域。