医学知识内容复杂，分科较细，专业化程度较高，各学科交叉内容较多，并且注重实践经验和技能，因此医学知识的管理是健康工程知识管理系统的重要组成部分。而知识管理可以在一定程度下实现医疗卫生知识的发现、交流和共享。通过临床医学和相关学科知识管理，尽可能地挖掘知识，实现知识的积累和转化，完成医务人员的继续教育和规范化培训通过医疗会诊、病例讨论分析、诊断治疗方案讲座评估、新技术研讨等知识交流与应用，可以使临床医学知识获得最大限度的共享和利用引进、推介新技术，不断吸收外界知识，有助于健康工程不断提升健康工程的核心竞争力建立各学科专家知识库，变隐性知识为显性知识，为健康工程积累宝贵的知识财富，不断提高健康工程临床诊疗水平。

医学知识库管理内容包括药物指南、药物资讯、药物信息，包括最新处方，药物的用药原则、抗生素的合理运用、药品配对禁忌的电子医嘱，实现通过种类和症状找到所需的药物信息，并涉及用途及治疗费用等资料。帮助医护人员了解药品信息，指导临床合理用药。